- 부가가치세법 제26조 및 부가가치세법 시행령 제45에 따라 산학협력단이 제공하는 연구용역에 대한 면세조항이 2014.01.01.자로 일몰폐지됨에 따라 2014.01.01. 이후 계약되는 연구용역에 대해서는 부가가치세를 과세하도록 변경되었습니다.

 - 이에 따라 연구용역 소요예산 산출 시 공급가액의 10%를 부가가치세로 산출하고, 해당 부가가치세는 국세청에 납부합니다.
   예를 들어 전체 예산이 30,000,000만원짜리 과제일 경우 참여연구원의 인건비, 재료비, 연구활동비, 간접비 등 총액(공급가액)이 27,272,727원이 되고 이에 대한 부가가치세는 2,727,273원이 됩니다. 해당 부가가치세는 매출세금계산서가 발급(전문기관에 연구비 청구를 위해 세금계산서 발급)되면 분기별로 해당 부가가치세를 국세청에 신고/납부합니다. 
 부가가치세는 분기별로 이미 산학협력단에서 국세청으로 선납부하였으며 통합연구행정지원시스템에 잔액으로 남아있는 부가가치세는 연구수행을 원활하게 운영(매입세액 공제 처리)하기 위해 시스템으로만 남겨져 있는 금액으로 선납부한 해당 부가세에 대해 과제 종료 후 시스템으로 잔액처리를 하는 절차를 진행하고 있습니다.